首先，请确保您已经安装了MySQL并且正在运行。然后，请按照以下步骤进行操作：

1. 打开MySQL命令提示符。在Windows系统中，按下“Win + R”键，输入“cmd”并按回车键打开命令提示符。在命令提示符中输入“mysql -u root -p”并回车，输入root用户的密码后，您将进入MySQL命令提示符。

2. 在MySQL命令提示符中，输入以下命令：

```

USE mysql;

```

3. 修改MySQL端口号。在MySQL命令提示符中，输入以下命令，将“新端口号”替换为您想要设置的端口号：

```

UPDATE `mysql`.`servers` SET `port` = '新端口号' WHERE `host` = 'localhost';

```

4. 重启MySQL服务。在MySQL命令提示符中，输入以下命令：

```

EXIT;

```

5. 重新打开MySQL命令提示符。在Windows系统中，按下“Win + R”键，输入“cmd”并按回车键打开命令提示符。在命令提示符中输入“mysql -u root -p”并回车，输入root用户的密码后，您将再次进入MySQL命令提示符。

6. 检查端口号是否修改成功。在MySQL命令提示符中，输入以下命令：

```

SELECT VERSION();

```

如果上述操作成功完成，您应该能够看到MySQL的版本信息。此时，恭喜您！您已经成功地在Windows系统下修改了MySQL的端口号。